Según el Diccionario panhispánico de dudas (DPD), la forma correcta de escribirlo es «alérgeno», pronunciada como esdrújula, y explica que, «aunque también se ha usado la forma llana 'alergeno', debe preferirse la forma esdrújula, como corresponde a la pronunciación correcta de las voces formadas con el elemento compositivo -geno ('que genera o produce'): electrógeno, halógeno, lacrimógeno, etc.». El DRAE apoya este mismo criterio.



